In 1860 werd van staatswege besloten tot de aanleg van een aantal spoorlijnen. In het noorden werd een spoorverbinding aangelegd tussen Leeuwarden en Harlingen, vanwege de belangrijke functie van Harlingen als havenplaats. Aan de Stationsweg werd een spoorwegstation gebouwd, volgens een standaardontwerp, klasse III.

Het stationsgebouw is gebouwd in neo-classicistische stijl, met rondboogvensters en witgepleisterde gevels. Het middendeel met de ingangspartij heeft twee bouwlagen, met een schilddak, aan weerszijden zijn eenlaags aanbouwen geplaatst, met dienstruimten en een goederenopslagruimte. Aan de spoorzijde is een fraaie gietijzeren perronkap aangebracht op gietijzeren zuilen.

Het station staat sinds 1972 op de lijst van rijksmonumenten en is nog steeds in gebruik. Sinds 2011 zijn in het gebouw een bloemenkiosk, restauratie, vergaderruimte en kantoor van de Stichting Zorggroep Kardan gevestigd.